В 1890-х годах его женой становится певица оперетты и эстрады Лина Анчарова, признанная красавица своего времени. Во время Первой мировой войны Евгений будет использовать ее фамилию для своего псевдонима, так как его собственная фамилия будет казаться ему созвучной немецким.
Он участвовал в проекте Селезневской и прилегающих улиц, где намеревался создать народный сад и построить театр с дешевыми билетами. Этот проект воплотился в 1903 году, когда открылся «Новый Театр-буффо и сад Бауэра». Билеты в театр действительно стоили очень дешево, но в том же году он был закрыт ввиду финансовой несостоятельности.
В 1910 году Бауэр увлекается авиацией и покупает самолет Фарман-IV. Но художественная жизнь не дает ему покоя, и он занимается сценографией, в начале 20 века становится художником-постановщиком театра «Эрмитаж». Кинематограф, которому требовались декорации, не мог пропустить мимо себя талантливого их создателя. В 1913 году выходит фильм «300-летие дома Романовых», для которого Бауэр делал декорации. Получив предложение стать режиссером, Евгений с радостью соглашается. На тот момент ему было 48 лет. Один за другим он снимает четыре успешные ленты, выпущенные компанией Дранкова, а затем переходит на работу в российское представительство французской компании Pathe's Star.
В самом конце 1913 года он становится режиссером в кинокомпании Ханжонкова, на которой и снимет большинство своих картин. Всего за 5 лет работы он снял более восьми десятков фильмов. В 1917 году, направляясь на съемочную площадку в Ялте, Евгений упал с уступа и сломал ноги. Уже выздоравливая, он получил осложнение в виде крупозного воспаления легких и вскоре скончался. Ему было всего 53 года.
Вклад Бауэра в российский, да и мировой кинематограф, сложно переоценить. Будучи опытным театральным художником-постановщиком, он использовал свои знания для придания кадру особой выразительности и эффектности. Он стал использовать особое освещение на съемочной площадке, в том числе и меняющееся в процессе съемки, экспериментировал с ракурсами, снимал через тонкую ткань для создания туманного эффекта, использовал крупные планы и движущуюся камеру. Его придирчивый подход к декорациям, а также выбору мест для натурных съемок привел к тому, что некоторые кадры его фильмов выглядят подобно полотнам старых мастеров и соблюдают правила живописной композиции.
В его фильмах снимались Вера Холодная, Иван Мозжухин, Витольд Полонский и другие звезды немого кино. В наше время работы Бауэра являются признанной классикой и той основой кинематографа, знать которую должен каждый, действительно увлекающийся или занимающийся этим искусством.